המבנה הארגוני של תנועת האחים המוסלמים על כל חלקיו המוסדיים והאדמיניסטרטיביים זוכה לחשיבות מיוחדת בקרב מנהיגי התנועה בשל היותו הכלי העיקרי הן לתרגום עקרונות התנועה ורעיונותיה הלכה למעשה במציאות והן ליישום הפרויקט הפוליטי של התנועה, שהוא תפיסת השלטון וקבלת סמכות מהחברה.