무슬림 형제단의 조직구조는 창설자인 하산 알 반나가 제시한 전언에 중심이 된 비전, 원칙, 핵심 사상을 구체화 시켜 실천에 옮기며 “살라피 다와, 순나를 따르는 방식, 수피 진리, 정치체, 사회사상, 스포츠 단체, 과학문화 협회 그리고 경제적인 기업” 으로 집단의 포괄적인 견해를 강조한다. 이 구조는 제도적, 조직적 및 행정적 구조와 함께 집단의 목표를 따라갔으며, 특히” 칼리파국과 세계 교수직을 되살리기”는 것과 관련하여 이집트 내부 또는 외부에서 이를 현실화하기 위해 노력했다.